En 2003 fue Premio Medio Ambiente de Andalucía y Académico Numerario de la Real Academia Sevillana de Buenas Letras, y profesor emérito de la Universidad de Sevilla desde 1998. Fue director del Departamento de Geografía Física y Análisis Geográfico Regional y durante varios años coordinado de asignaturas en el antiguo Colegio Universitario de Cádiz.
Gran impulsor del trabajo de campo y de la aplicación del "enfoque naturalista" integral en la interpretación de la naturaleza, Rubio Recio fue un entusiasta particular de la Biogeografía y la conservación de la naturaleza en España e Iberoamérica. Junto a Jose Antonio (Tono) Valverde y Francisco Bernis compusieron el núcleo impulsor científico del futuro Parque Nacional de Doñana. En los años setenta se opuso al proyecto de la Carretera Costera Cádiz-Huelva. En la Asociación de Geógrafos Españoles promovió tanto el Grupo de Geografía Física como el de Biogeografía. Durante los años en activo dirigió más de una treintena de Tesis Doctorales y se involucró en la organización de numerosos congresos nacionales e internacionales, entre ellos la primera reunión de Cuaternario que se celebró en Sevilla en Septiembre de 1981.
Los libros, los mapas y la rebusca de libros en librerías de viejo constituyó una de grandes aficiones del profesor Rubio. Bajo su impulso el fondo bibliográfico dedicado a la Geografía Física de la biblioteca de la Universidad de Sevilla, constituyó un referente universitario nacional.
Profesor de gran vocación docente, en el campo y el aula, heredero de la tradición naturalista española de la primera mitad del siglo XX, José Manuel Rubio Recio ha dejado un imborrable recuerdo como profesor y maestro de las nuevas generaciones de la Geografía española.