El Secretariado de Innovación Educativa depende orgánicamente de la Dirección General de Formación Continua y Complementaria. Bajo su competencia queda el Instituto de Ciencias de la Educación (ICE) de la Universidad de Sevilla, centro de larga trayectoria nacido en la década de los setenta.
Este secretariado asume funciones de apoyo a la Dirección General de Formación Continua y Complementaria desarrollando tareas de organización, coordinación y seguimiento de las actividades de formación del profesorado para la innovación y mejora de la docencia.